Aplikacja w programie Mapper jest oddzielnym modułem, który można uruchomić w dowolnym momencie.
Aby załadować aplikację musi się ona znajdować w katalogu ...\Mapper\Applications, oraz trzeba wpisać polecenie w polu komend: AL=name AL oznacza ApplicationLoad, name natomiast to nazwa aplikacji bez rozszerzenia. Przykładowo: AL=SHOWERROR powoduje załadowanie aplikacji ShowError.
Aplikacja po załadowaniu nie jest przerywana przez wywołanie innych funkcji, a odładować ją można poleceniem AU=name (ApplicationUnload). Jeżeli aplikacja udostępnia dodatkowe funkcje to można je wywołać za pomocą polecenia AF. Przykładowo AF=TRIANGULATION,PROCESS powoduje uruchomienie trójkątowania.
al [nazwa aplikacji]
– załadowanie (uruchomienie) aplikacji o danej nazwie
au [nazwa aplikacji]
– odładowanie aplikacji
af [nazwa funkcji]
– uruchomienie funkcji dostępnej w załadowanej aplikacji